هنوز بسیاری ترافیک سنگین و چراغ قرمز کسالت‌بار توحید را از یاد نبرده‌اند. زمانی که روز شمار افتتاح تونل توحید به پایان رسید، شهروندان بسیاری نفس آسوده کشیدند؛ نه به این خاطر که رکورد ساخت یک بنای مهندسی درون شهری شکسته شد، به این دلیل که ترافیک مشهور و سنگین توحید، گریبانشان را رها می‌کرد. اما از آن‌جا که هر موفقیت این چنینی با حرف وحدیث‌های بسیاری همراه است، تونل توحید نیز از این خطر مصون نماند. طوری که از زمان افتتاح این پروژه تا امروز، انتقادها و مخالف‌هایی مطرح می‌شوند که گمان می‌رود بیشتر رنگ و بوی سیاسی و جناح‌بندی داشته باشند، تا دلسوزی برای مردم.
به دنبال شدت گرفتن انتقادات بی‌رویه از تونل توحید، شهردار تهران زیر سوال بردن تونل توحید را متوجه کل جامعه مهندسی كشور دانست، و خطاب به منتقدان اعلام کرد که به جای پر کردن تونل، کافی است تنها 3 روز این تونل بسته شود، تا مشاهده شود چه وضعیتی پیش خواهد آمد.

شهردار تهران بسیاری از این انتقادها را غیرمنطقی دانست و بیان داشت که چنین افرادی در تلاش برای کسب منافع مردم نیستند، بلكه منافع شخصی و باطل خود را دنبال می‌کنند.

قالیباف، انتقادهایی را مؤثر دانست که منطقی، تخصصی و کارشناسی باشد و در جلسه‌های تخصصی بررسی شود.

پروین احمدی نژاد یکی از نخستین منتقدان تونل توحید بود. وی در زمانی که هنوز مدت زیادی از افتتاح این تونل نگذشته بود، به بسته بودن تونل در برخی ساعات شب، اعتراض کرد.

معاون حمل و نقل و ترافیک شهرداری، دلیل بسته شدن تونل را در برخی اوقات شبانه روز آن زمان، نصب تاسیسات و سیستم هوشمند اعلام کرد که امکان آن در روز فراهم نیست. و اذعان داشت که این روند برای تونل رسالت هم انجام می‌شود.

اما پروین احمدی نژاد ضمن رد این مدعا، اعلام کرد که در تونل رسالت این اتفاقات را کمتر رخ می‌دهد.

یکی از بحث‌برانگیزترین مخالفان تونل توحید، دبیر جوان شورای عالی ترافیک بود که تجربه شاگردی محمود احمدی نژاد و حمید بهبهانی را در دانشگاه علم و صنعت داشته است. او در گفتگو با روزنامه ایران مدعی برچیده شدن تونل به طور کلی شد. دلیل این ادعا را شیب تند ورودی و خروجی تونل دانست که با چند مورد تصادف همراه بوده است.

شفیعی در سال 86 هم عنوان کرده بود که تونل توحید غیر کارشناسی است و مدیریت شهری باید به جای تونل، پل می‌ساخت؛ اما مدتی بعد مشخص شد ساخت تونل به جای پل، در زمان شهرداری محمود احمدی نژاد به عنوان بهترین و تنها گزینه، مورد تأیید بوده است و پس از آن دیگر صحبتی از ساخت پل نشد.

روزنامه ایران نیز مصاحبه‌ای با یکی از اعضای تیم پیمانکاری پروژه تونل توحید منتشر کرد و پرده از بروز اختلافات شدید میان شهرداری تهران و پیمانکار این پروژه برداشت. در بخشی از این مطلب بیان شد که شهرداری تهران هزینه 300 تا 400 میلیارد تومانی این پروژه را تا چندین برابر افزایش داده و هنوز میلیاردها تومان به پیمانکار بدهکار است.

این گزارش همچنین خبر می‌داد که شهردار تهران در کارگاه حفر تونل حاضر می‌شده و تهدید می‌کرده است که اگر کار با سرعت انجام نشود، پول افراد را نمی‌دهد و یا یکی از مدیران ارشد تهران با بد و بیراه گفتن خواست سرعت عمل در کار بوده است.

اما پس از انتشار این مصاحبه، مدیر شرکت پرلیت، مجری ساخت تونل توحید با رد هرگونه مصاحبه اعضای این شرکت با روزنامه ایران، گفت: «هیچ نماینده ای از طرف این شرکت با روزنامه ایران مصاحبه نکرده است و مطالبی که از قول این فرد در رابطه با تونل توحید مطرح شده است کذب محض است.»

به این ترتیب علی عباسپور تهرانی فرد، نماینده مردم تهران در مجلس، از اینکه تلاش قابل تقدیر مدیریت شهری، به خاطر بداخلاقی‌های سیاسی مورد هجمه قرار گرفته، اظهار تعجب کرد و تونل توحید را یکی از مؤثرترین شریان‌های ترافیکی شهر تهران خواند.

این عضو فراکسیون اصولگرایان، اهداف سیاسی افرادی خاص را پشت پرده این مخالفت‌ها دانست و بیان داشت که برخی گروه‌ها تحمل دیدن مدیری تلاشگر که عملکردش انعکاس مطلوبی داشته را ندارند و می‌خواهند با انتقادات سیاسی منافع در خطر خود را، حفظ کنند.

رئیس فراکسیون مدیریت شهری مجلس نیز در گفت‌وگویی اعلام کرد داشت: «افرادی که تونل توحید را بی‌فایده دانسته و معتقدند باید تخریب شود، گویا پیش از ساخت تونل گذرشان به اتوبان شهید نواب نیفتاده بوده است.»

اسدالله بادامچیان، نماینده مردم تهران نیز، از نامهربانی‌های حامیان دولت در مورد پروژه تونل توحید انتقاد کرد و آن را تلاش برای کوچک شمردن عملکرد قالیباف دانست.

این نماینده در مصاحبه‌ای تصریح کرد: «اگر پروژه تونل توحید در زمان آقای احمدی نژاد احداث می‌شد منتقدان امروزی تونل توحید آنچنان تمجیدی از این تونل انجام می‌دانند، تاهمگان نسبت به انجام این پروژه حیرت‌زده شوند؛ ولی امروز به گونه‌ای دیگری رفتار می‌کنند.»

بسیاری بر این عقیده‌اند که کسب موفقیت‌های جهانی و تلاش برای رسیدن به استانداردهای بین‌المللی شهری، نباید فدای اغراض سیاسی شوند. بدون تردید مهندسان و کارشناس حوزه‌های گوناگون شهری، بیش از آن‌که در اندیشه‌های سیاسی باشند، باید به مصلحت شهروندان بیاندیشند.

از این رو چندی پیش محمد باقر قالیباف در پاسخ به سئوال طنزآمیز یک خبرنگار مبنی بر این که چه زمانی بناست روز شمار پر کردن تونل توحید را نصب کنید، گفت: «من هنر حفاری تونل را دارم، اما هنر پر کردنش را ندارم؛ آنهایی که هنرش را دارند بیاییند و پر کنند.»